1、根莖區別
石菖蒲的根莖粗度為2-5mm左右，并有著淡淡的芳香 ， 它的顏色為淡褐色，根莖是肉質的，上面還有很多的須根 ， 節間的長度通常為3-5mm 。
水菖蒲的根莖是橫走的，粗度是5-10mm左右，同樣有芳香，但它是黃褐色的 。它的肉質根是5-6cm左右，須根都是毛發狀的 。
2、葉子區別
【石菖蒲與水菖蒲的區別 石菖蒲與水菖蒲的區別圖片】石菖蒲的葉子是很薄的，是線形的，長度差不多是在20-30cm左右，有時可達到50cm 。它的葉色為暗綠色，無中肋 。
水菖蒲的葉子是劍狀的線形，長度會更長一些，有90-150cm左右 。它的葉子為綠色，十分光亮 ， 有著十分明顯的中肋 。
3、習性區別
石菖蒲喜歡在半陰的環境下生長 ， 很害怕被陽光直接照射，喜歡濕潤的環境 。
水菖蒲同樣喜歡在濕潤處生長，它是喜歡溫暖的，環境的額溫暖度應在20-25℃左右 。
